Eleanor đã tham khảo ý kiến các nhà chiêm tinh học để cố gắng dự đoán các sự việc trong tương lai. Và hai nhà chiêm tinh học Thomas Southwell và Roger Bolingbroke đã tiên đoán rằng Vua Henry đệ Lục sẽ mắc một căn bệnh gây nguy hiểm đến tính mạng vào khoảng tháng 7 hoặc tháng 8 năm 1441.[1] Khi lời tiên tri đến tai hộ vệ của nhà vua, họ đã tìm đến những nhà chiêm tinh học khác để tìm hiểu và tất cả họ đều không tìm thấy dự đoán nào về căn bệnh này của nhà vua trong tương lai. Các hộ vệ của nhà vua cũng lần theo tin đồn để tìm đến những người đã tạo ra nó và họ bắt giữ được Southwell, Bolingbroke và John Home (một giáo sĩ xưng tội riêng của Eleanor). Sau khi thẩm vấn và kết án Southwell, Bolingbroke với tội danh phản quốc vì sử dụng thuật chiêu hồn, Bolingbroke đã chỉ đích danh Eleanor là người chủ mưu nhưng lúc bấy giờ bà đang lẩn trốn tại một thánh địa ở Tu viện Westminster nên không thể xét xử.[3] Người ta cho rằng các tố cáo về bà có thể đã bị phóng đại lên nhằm mục đích hạn chế quyền của chồng bà.[4]

Sau đó, Eleanor đã bị tra khảo bởi một hội đồng tôn giáo tại thánh địa tuy nhiên cô đã phủ nhận tất cả các cáo buộc và chỉ thừa nhận việc cô đã lấy một thần dược từ chỗ của Margery Jourdemayne, một phù thủy có biệt danh là the Witch of Eye – tạm dịch: Phù thủy của Đôi mắt. Bà đã giải thích rằng thần dược này được bà lấy về để giúp mình thụ thai.[5] Tuy nhiên, Eleanor và các đồng phạm của bà vẫn bị kết án. Southwell bị xử chết tại Tòa tháp Luân Đôn, Bolingbroke bị treo cổ, kéo lê và phanh thây còn Jourdemayne thì bị thiêu chết. Về phần Eleanor, bà bị bắt phải sám hối công khai ở Luân Đôn, ly dị chồng và án tù chung thân.[1] Năm 1442, Eleanor bị giam giữ tại Lâu đài Chester,[6] sau đó đến năm 1443, bà chuyển đến Lâu đài Kenilworth. Việc làm này được diễn ra bởi sự lo ngại rằng Eleanor đang giành được sự thiện cảm của công chúng vì chỉ vài tháng trước đó, một phụ nữ vô danh vùng Kent đã đến gặp Vua Henry đệ Lục tại Black Heath để mắng chửi ông vì cách đối xử của ông với Eleanor và nói rằng ông nên đưa bà ấy trở về với chồng của bà.[3] Người phụ nữ này sau đó đã bị trừng phạt bằng cách hành quyết. Tháng 7 năm 1446, Eleanor tiếp tục bị chuyển tới Đảo Man và cuối cùng bà chuyển đến Lâu đài Beaumaris ở Anglesey, nơi bà đã qua đời vào ngày 7 tháng 7 năm 1452.[1]